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如果短信桌面应用消失了，可以尝试以下几种方法来恢复或解决问题。
1、检查是否被卸载或停用：进入应用管理界面，查看短信应用是否被卸载或停用，如果被卸载，可以通过应用市场的搜索功能重新下载安装；如果被停用，可以选择启用。
2、清理缓存和数据：有时候应用缓存过多或数据异常会导致应用出现问题，可以进入手机的设置，选择应用管理，找到短信应用并清理其缓存和数据。
3、查找桌面布局设置：可能是桌面布局设置的问题导致短信应用的图标被隐藏或移动到了其他位置，可以在桌面空白处长按，选择桌面布局或应用管理选项，查看短信应用的图标是否在其中。
4、重启手机：有时候重启手机可以解决一些应用或系统的小问题，重启手机后，查看短信应用是否恢复正常。
5、检查系统更新：确保手机系统是最新的版本，有时候系统更新会修复一些应用问题。
6、查找系统恢复或重置设置：如果以上方法都无法解决问题，可以考虑查找手机的系统恢复或重置设置选项，尝试恢复到出厂设置，但请注意，这将会清除手机的所有数据，所以在操作之前请确保备份重要数据。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系手机厂商或运营商的客服寻求帮助，不同品牌和操作系统的手机可能存在操作上的差异，可以根据自己手机的具体情况选择合适的方法。